L'Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer a pour missions de conduire et de promouvoir des recherches fondamentales et appliquées, des actions d'expertise et des actions de développement technologique et industriel destinées à :
1° Connaître, évaluer et mettre en valeur les ressources des océans et permettre leur exploitation durable ;
2° Améliorer les méthodes de surveillance, de prévision d'évolution, de protection et de mise en valeur du milieu marin et côtier ;
3° Favoriser le développement socio-économique du monde maritime.

Pour l'exécution de ses missions, qu'il exerce en liaison avec les organismes de recherche et de développement technologique, les établissements d'enseignement supérieur et les administrations intéressées, l'Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer est chargé :
1° De proposer au Gouvernement des programmes de recherche ou de développement et de les exécuter soit par ses moyens propres, soit par contrats ;
2° D'apporter à l'Etat et aux autres personnes morales de droit public son concours pour l'exercice de leurs responsabilités, notamment pour le contrôle de la qualité des produits de la mer et du milieu marin ;
3° D'apporter son concours, notamment par voie de contrats, aux professions maritimes et organismes intervenant dans les domaines scientifiques, techniques et économiques ;
4° D'assurer, dans les limites déterminées par les ministres exerçant la tutelle de l'institut, la maîtrise d'œuvre d'opérations complexes d'intérêt général, associant différents partenaires ;
5° De créer et de gérer des équipements lourds d'intérêt général, dont les navires, engins et équipements de l'infrastructure de recherche Flotte océanographique française opérée par l'Ifremer ;
6° De recueillir, diffuser et valoriser les informations nationales ou internationales ;
7° D'apporter son concours à la formation à la recherche et par la recherche ;
8° De participer à la recherche européenne, notamment aux programmes de l'Union européenne, ainsi qu'aux activités des organismes internationaux de recherche et d'aménagement des ressources et du milieu marin et côtier ;
9° De passer des conventions de coopération internationale en faveur du développement avec d'autres organismes exerçant des activités comparables.
L'Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer est associé à l'élaboration des accords intergouvernementaux scientifiques et technologiques dans le domaine marin et peut être chargé de leur mise en œuvre.