Des commissions scientifiques, représentatives d'un secteur de la recherche au sein de l'Institut de recherche pour le développement, participent à l'évaluation des travaux et des programmes dans leur domaine de compétence.
Elles contribuent à la réflexion du conseil scientifique sur la politique scientifique de l'institut.
Les commissions scientifiques sectorielles sont consultées, dans leur domaine de compétence, sur la création, la modification ou la suppression des unités de recherche de l'institut et sur la nomination de leur directeur.
Le conseil d'administration peut décider de confier l'organisation des évaluations des unités de recherche à l'instance mentionnée à l'article L. 114-3-1, dans les conditions prévues au 2° de cet article, ou demander à cette instance de s'assurer de la qualité des évaluations conduites par ces commissions en validant la procédure qu'elles proposent.
Les commissions scientifiques sectorielles donnent leur avis sur toute question qui leur est soumise par le président de l'institut.

Les commissions scientifiques sectorielles sont créées par le conseil d'administration, sur proposition du président de l'institut, après avis du conseil scientifique.
Les commissions scientifiques sectorielles sont composées, en nombre égal, de membres nommés par le président de l'institut et de membres élus par les personnels de l'institut et par les personnels associés à ses activités. Elles comprennent au moins 50 % de membres extérieurs à l'établissement. Elles peuvent comprendre des personnalités étrangères. Elles élisent leur président en leur sein.
Le mandat de membre d'une commissions scientifique sectorielle est d'une durée de quatre ans, non renouvelable dans l'une quelconque des commissions au titre de la mandature suivante.
Un arrêté conjoint des ministres chargés de la recherche et du développement international fixe la composition et les règles de fonctionnement des commissions scientifiques sectorielles ainsi que les modalités de désignation de leur président et de leurs membres.

Les commissions scientifiques sectorielles se réunissent au moins deux fois par an sur convocation du président de l'institut qui fixe l'ordre du jour. Le président d'une commission peut inscrire des points complémentaires à l'ordre du jour, à son initiative ou à celle du quart au moins des membres de la commission.
Le président de l'institut et le ou les directeurs généraux délégués sont entendus à leur demande par les commissions scientifiques sectorielles.
Le président d'une commission scientifique sectorielle peut inviter à participer aux séances, à titre consultatif, des personnalités choisies en raison de leur compétence.