L'Institut de recherche pour le développement dispose d'unités de recherche et d'unités de service.
Une unité de recherche est un regroupement temporaire de personnels, qui relèvent de l'institut ou d'un organisme extérieur à celui-ci, pour mener à bien un projet scientifique déterminé soumis à évaluation.
Une unité de service est un regroupement de personnels, qui relèvent de l'institut ou d'un organisme extérieur à celui-ci, pour assurer la mise en œuvre, la coordination et la gestion déconcentrée des activités scientifiques et techniques de l'établissement.
Les unités de recherche et les unités de service sont créées, modifiées ou supprimées par décision du président de l'institut prise après avis des commissions compétentes et du conseil scientifique. Le cas échéant, la décision est prise conjointement avec l'autorité compétente du ou des organismes partenaires.
Les unités de recherche et les unités de service sont dotées d'instances consultatives où sont représentés les personnels qui y sont affectés, selon des modalités précisées par le règlement intérieur de l'institut.

Le directeur d'une unité de recherche ou d'une unité de service est nommé par le président de l'Institut de recherche pour le développement après avis des commissions compétentes et du conseil scientifique. Le cas échéant, la nomination est prononcée conjointement avec l'autorité compétente du ou des organismes partenaires.
La nomination est prononcée pour une durée qui ne peut excéder cinq ans, Le directeur d'unité peut être renouvelé dans ses fonctions dans la limite maximale de dix années.
Le président de l'institut peut mettre fin aux fonctions d'un directeur d'unité après avis des commissions compétentes et du conseil scientifique, le cas échéant conjointement avec l'autorité compétente du ou des organismes partenaires, s'il estime que son maintien est de nature à compromettre le fonctionnement de l'unité.
En cas d'urgence, le président peut suspendre le mandat du directeur, le cas échéant conjointement avec l'autorité compétente des organismes partenaires, sans consultation préalable. Les commissions compétentes et le conseil scientifique sont saisis de cette décision lors de leur prochaine séance.

L'Institut de recherche pour le développement peut comporter des départements scientifiques regroupant des unités de recherche et des unités de service. Les départements ont notamment pour objet de favoriser l'accomplissement des missions et le développement des actions de partenariat de l'institut avec les établissements d'enseignement supérieur et les autres établissements de recherche, par grands secteurs d'activité. Leur nombre, leur nature et leurs modalités de fonctionnement sont arrêtés par le conseil d'administration, sur proposition du président de l'institut, après avis du conseil scientifique.

Les directeurs de département scientifique sont nommés par le président de l'Institut de recherche pour le développement, après avis du conseil scientifique. La durée maximale de leur mandat est de cinq ans, renouvelable une fois. Leur fonction n'est pas compatible avec celle de membre du conseil d'administration, du conseil scientifique, d'une commission scientifique ou d'une commission de gestion de la recherche et de ses applications.
Les directeurs de département scientifique assurent l'animation scientifique du département et veillent au développement de collaborations entre les départements.

Le conseil scientifique est l'instance de réflexion et de proposition de l'Institut de recherche pour le développement en matière de politique scientifique.
Le conseil scientifique donne son avis sur les grandes orientations de la politique scientifique de l'institut, notamment sur ses programmes de recherche scientifique et technologique, ainsi que sur les programmes exécutés en coopération avec d'autres organismes de recherche. Il donne son avis sur les activités de valorisation de la recherche, d'information et de formation, sur les principes communs d'évaluation des unités et des personnels de recherche, ainsi que sur toute question qui lui est soumise par le président de l'institut.
Il est consulté sur la création, la modification ou la suppression des départements scientifiques, des unités de recherche et des unités de service, ainsi que sur la nomination de leur directeur.

Le conseil scientifique est composé en nombre égal de membres nommés conjointement par les ministres chargés de la recherche et du développement international et de membres élus par les personnels de l'institut et par les personnels associés à ses activités. La moitié au moins de ses membres sont extérieurs à l'établissement. Le conseil scientifique comprend des personnalités étrangères.
Le mandat des membres du conseil scientifique est d'une durée de quatre ans, non immédiatement renouvelable.
Le conseil élit son président en son sein.
Un arrêté des ministres chargés de la recherche et du développement international fixe la composition et les règles de fonctionnement du conseil scientifique ainsi que les modalités de désignation de ses membres et de son président.

Le conseil scientifique se réunit au moins deux fois par an sur convocation du président de l'Institut de recherche pour le développement qui fixe l'ordre du jour en concertation avec le président du conseil scientifique. Le président du conseil scientifique peut inscrire des points complémentaires à l'ordre du jour, à son initiative ou à celle du quart au moins des membres du conseil.
Le président de l'institut et le ou les directeurs généraux délégués sont entendus à leur demande par le conseil scientifique.
Le président du conseil scientifique peut inviter à participer aux séances, à titre consultatif, des personnalités choisies en raison de leur compétence.

Des commissions scientifiques, représentatives d'un secteur de la recherche au sein de l'Institut de recherche pour le développement, participent à l'évaluation des travaux et des programmes dans leur domaine de compétence.
Elles contribuent à la réflexion du conseil scientifique sur la politique scientifique de l'institut.
Les commissions scientifiques sectorielles sont consultées, dans leur domaine de compétence, sur la création, la modification ou la suppression des unités de recherche de l'institut et sur la nomination de leur directeur.
Le conseil d'administration peut décider de confier l'organisation des évaluations des unités de recherche à l'instance mentionnée à l'article L. 114-3-1, dans les conditions prévues au 2° de cet article, ou demander à cette instance de s'assurer de la qualité des évaluations conduites par ces commissions en validant la procédure qu'elles proposent.
Les commissions scientifiques sectorielles donnent leur avis sur toute question qui leur est soumise par le président de l'institut.

Les commissions scientifiques sectorielles sont créées par le conseil d'administration, sur proposition du président de l'institut, après avis du conseil scientifique.
Les commissions scientifiques sectorielles sont composées, en nombre égal, de membres nommés par le président de l'institut et de membres élus par les personnels de l'institut et par les personnels associés à ses activités. Elles comprennent au moins 50 % de membres extérieurs à l'établissement. Elles peuvent comprendre des personnalités étrangères. Elles élisent leur président en leur sein.
Le mandat de membre d'une commissions scientifique sectorielle est d'une durée de quatre ans, non renouvelable dans l'une quelconque des commissions au titre de la mandature suivante.
Un arrêté conjoint des ministres chargés de la recherche et du développement international fixe la composition et les règles de fonctionnement des commissions scientifiques sectorielles ainsi que les modalités de désignation de leur président et de leurs membres.

Les commissions scientifiques sectorielles se réunissent au moins deux fois par an sur convocation du président de l'institut qui fixe l'ordre du jour. Le président d'une commission peut inscrire des points complémentaires à l'ordre du jour, à son initiative ou à celle du quart au moins des membres de la commission.
Le président de l'institut et le ou les directeurs généraux délégués sont entendus à leur demande par les commissions scientifiques sectorielles.
Le président d'une commission scientifique sectorielle peut inviter à participer aux séances, à titre consultatif, des personnalités choisies en raison de leur compétence.

Une ou plusieurs commissions de gestion de la recherche et de ses applications participent à l'évaluation des activités techniques, administratives et de transfert de l'Institut de recherche pour le développement. Elles sont créées par le conseil d'administration sur proposition du président de l'institut, après avis du conseil scientifique.
Elles ont, dans leur domaine de compétence, les mêmes attributions que les commissions scientifiques sectorielles.
Le président de l'institut et le ou les directeurs généraux délégués sont entendus, à leur demande, par les commissions de gestion de la recherche et de ses applications.
Elles sont consultées sur la création, la modification ou la suppression des unités de service de l'Institut et sur la nomination de leur directeur.
Un arrêté des ministres exerçant la tutelle de l'institut fixe la composition et les règles de fonctionnement des commissions de gestion de la recherche et de ses applications ainsi que les modalités de désignation de leurs membres et de leur président.

Nul ne peut appartenir simultanément à deux des instances de l'Institut de recherche pour le développement mentionnées aux articles R. 325-17, R. 325-20 et R. 325-23, ni successivement à plus de deux de ces instances.