Le conseil scientifique est l'instance de réflexion et de proposition de l'Institut de recherche pour le développement en matière de politique scientifique.
Le conseil scientifique donne son avis sur les grandes orientations de la politique scientifique de l'institut, notamment sur ses programmes de recherche scientifique et technologique, ainsi que sur les programmes exécutés en coopération avec d'autres organismes de recherche. Il donne son avis sur les activités de valorisation de la recherche, d'information et de formation, sur les principes communs d'évaluation des unités et des personnels de recherche, ainsi que sur toute question qui lui est soumise par le président de l'institut.
Il est consulté sur la création, la modification ou la suppression des départements scientifiques, des unités de recherche et des unités de service, ainsi que sur la nomination de leur directeur.

Le conseil scientifique est composé en nombre égal de membres nommés conjointement par les ministres chargés de la recherche et du développement international et de membres élus par les personnels de l'institut et par les personnels associés à ses activités. La moitié au moins de ses membres sont extérieurs à l'établissement. Le conseil scientifique comprend des personnalités étrangères.
Le mandat des membres du conseil scientifique est d'une durée de quatre ans, non immédiatement renouvelable.
Le conseil élit son président en son sein.
Un arrêté des ministres chargés de la recherche et du développement international fixe la composition et les règles de fonctionnement du conseil scientifique ainsi que les modalités de désignation de ses membres et de son président.

Le conseil scientifique se réunit au moins deux fois par an sur convocation du président de l'Institut de recherche pour le développement qui fixe l'ordre du jour en concertation avec le président du conseil scientifique. Le président du conseil scientifique peut inscrire des points complémentaires à l'ordre du jour, à son initiative ou à celle du quart au moins des membres du conseil.
Le président de l'institut et le ou les directeurs généraux délégués sont entendus à leur demande par le conseil scientifique.
Le président du conseil scientifique peut inviter à participer aux séances, à titre consultatif, des personnalités choisies en raison de leur compétence.