L'Institut de recherche pour le développement dispose d'unités de recherche et d'unités de service.
Une unité de recherche est un regroupement temporaire de personnels, qui relèvent de l'institut ou d'un organisme extérieur à celui-ci, pour mener à bien un projet scientifique déterminé soumis à évaluation.
Une unité de service est un regroupement de personnels, qui relèvent de l'institut ou d'un organisme extérieur à celui-ci, pour assurer la mise en œuvre, la coordination et la gestion déconcentrée des activités scientifiques et techniques de l'établissement.
Les unités de recherche et les unités de service sont créées, modifiées ou supprimées par décision du président de l'institut prise après avis des commissions compétentes et du conseil scientifique. Le cas échéant, la décision est prise conjointement avec l'autorité compétente du ou des organismes partenaires.
Les unités de recherche et les unités de service sont dotées d'instances consultatives où sont représentés les personnels qui y sont affectés, selon des modalités précisées par le règlement intérieur de l'institut.

Le directeur d'une unité de recherche ou d'une unité de service est nommé par le président de l'Institut de recherche pour le développement après avis des commissions compétentes et du conseil scientifique. Le cas échéant, la nomination est prononcée conjointement avec l'autorité compétente du ou des organismes partenaires.
La nomination est prononcée pour une durée qui ne peut excéder cinq ans, Le directeur d'unité peut être renouvelé dans ses fonctions dans la limite maximale de dix années.
Le président de l'institut peut mettre fin aux fonctions d'un directeur d'unité après avis des commissions compétentes et du conseil scientifique, le cas échéant conjointement avec l'autorité compétente du ou des organismes partenaires, s'il estime que son maintien est de nature à compromettre le fonctionnement de l'unité.
En cas d'urgence, le président peut suspendre le mandat du directeur, le cas échéant conjointement avec l'autorité compétente des organismes partenaires, sans consultation préalable. Les commissions compétentes et le conseil scientifique sont saisis de cette décision lors de leur prochaine séance.

L'Institut de recherche pour le développement peut comporter des départements scientifiques regroupant des unités de recherche et des unités de service. Les départements ont notamment pour objet de favoriser l'accomplissement des missions et le développement des actions de partenariat de l'institut avec les établissements d'enseignement supérieur et les autres établissements de recherche, par grands secteurs d'activité. Leur nombre, leur nature et leurs modalités de fonctionnement sont arrêtés par le conseil d'administration, sur proposition du président de l'institut, après avis du conseil scientifique.

Les directeurs de département scientifique sont nommés par le président de l'Institut de recherche pour le développement, après avis du conseil scientifique. La durée maximale de leur mandat est de cinq ans, renouvelable une fois. Leur fonction n'est pas compatible avec celle de membre du conseil d'administration, du conseil scientifique, d'une commission scientifique ou d'une commission de gestion de la recherche et de ses applications.
Les directeurs de département scientifique assurent l'animation scientifique du département et veillent au développement de collaborations entre les départements.