Le conseil scientifique de l'Institut national de la santé et de la recherche médicale est l'instance de réflexion et de proposition de l'institut en matière de politique scientifique. Il étudie, en lien avec les instituts thématiques, la situation et les perspectives de développement de la recherche dans le champ d'intervention de l'institut. Il contribue, en lien avec les instituts thématiques, à l'élaboration de la politique scientifique, notamment en établissant un rapport périodique de conjoncture et de prospective.
Il assiste le président de l'institut sur les questions suivantes :
1° Les grandes orientations de l'institut, les programmes généraux d'activité, l'exploitation des résultats de la recherche, le plan stratégique et le projet de contrat pluriannuel mentionnés aux 1° et 2° de l'article R. 324-6 ;
2° La politique scientifique en matière de création ou de renouvellement des unités de recherche ;
3° La création, la modification et la suppression des unités de recherche, après avis des commissions scientifiques spécialisées ;
4° La nomination des directeurs des unités de recherche, le renouvellement de leurs fonctions ou la décision d'y mettre fin, après avis des commissions scientifiques spécialisées ;
5° La politique de recrutement des personnels chercheurs ;
6° Les lignes directrices des actions de valorisation, d'information et de formation menées ou organisées par l'institut.
Il peut être consulté par le conseil d'administration et assister le président de l'institut sur toute question relevant de la compétence de l'institut.

Le conseil scientifique est composé, pour moitié, de membres élus par les personnels propres de l'institut et par les personnes qui contribuent aux activités de ce dernier et, pour moitié, de membres nommés par les ministres de tutelle. Les modalités des élections, la composition et les règles de fonctionnement du conseil scientifique sont fixées par arrêté des ministres chargés de la recherche, de la santé et de l'enseignement supérieur.
Le conseil scientifique se réunit au moins trois fois par an sur convocation du président de l'institut ou à la demande écrite et motivée des deux tiers de ses membres.