Les instituts thématiques sont créés par délibération du conseil d'administration après avis du conseil scientifique pour assurer, dans le champ d'intervention de l'institut, la coordination et l'organisation de la recherche par grands domaines, au-delà des activités des seules formations de recherche relevant directement de l'institut.
Ils ont notamment pour vocation de :
1° Réaliser un état des lieux et donner une visibilité à la recherche française dans le champ d'intervention de l'institut par grandes thématiques ;
2° Contribuer à l'animation de la communauté scientifique, coordonner les actions et organiser, en association avec les différents opérateurs concernés, la représentation de la communauté scientifique au sein des instances nationales, européennes et internationales d'expertise et d'organisation de la recherche ;
3° Définir, pour chaque domaine, une stratégie et les grands objectifs à court, moyen et long terme.

Les agences et services mentionnés au 4° de l'article R. 324-6 sont dirigés par des directeurs nommés pour une durée de quatre ans renouvelable par arrêté du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé de la santé, sur proposition du président de l'Institut national de la santé et de la recherche médicale.
Ils comportent un conseil d'orientation qui émet des propositions. Ce conseil peut comprendre des personnalités qualifiées représentant les organisations concernées par les attributions de l'agence ou du service.
Ils peuvent disposer d'un budget propre, constituant une section individualisée au sein du budget de l'établissement.

Les recherches et les activités y concourant sont conduites dans des unités de recherche et d'autres formations de recherche ou d'appui à la recherche relevant de l'Institut national de la santé et de la recherche médicale ou constituées en partenariat avec d'autres établissements publics ou privés, français, étrangers ou internationaux, ayant des activités de recherche, d'enseignement ou de santé.

Les unités de recherche relevant de l'Institut national de la santé et de la recherche médicale sont créées, modifiées et supprimées par décision du président de l'institut, après avis du conseil scientifique et des commissions scientifiques spécialisées, le cas échéant conjointement avec l'autorité compétente de l'organisme partenaire. Elles reçoivent, sous forme de dotations globales, les crédits qui leur sont alloués au titre de leur fonctionnement, de leur petit et moyen équipement et de leurs missions.
Les directeurs d'unités de recherche sont nommés par décision du président de l'institut, après avis des instances scientifiques mentionnées au premier alinéa, le cas échéant conjointement avec l'autorité compétente de l'organisme partenaire. La durée de leur mandat ne peut excéder celle du contrat d'établissement mentionné au cinquième alinéa de l'article L. 711-1 du code de l'éducation. Le mandat est renouvelable. Nul ne peut diriger la même unité de recherche au-delà de trois mandats consécutifs.
Les autres formations de recherche ou d'appui à la recherche sont créées, modifiées et supprimées par décision du président de l'institut, le cas échéant conjointement avec l'autorité compétente de l'organisme partenaire.
Les responsables des formations de recherche ou d'appui à la recherche sont désignés par décision du président de l'institut, le cas échéant conjointement avec l'autorité compétente de l'organisme partenaire.

Le président de l'Institut national de la santé et de la recherche médicale définit les droits et obligations des responsables des unités de recherche et des autres formations de recherche ou d'appui à la recherche à l'égard de l'institut. Lorsque l'activité d'une unité de recherche ou d'une formation de recherche ou d'appui à la recherche lui paraît compromise de manière immédiate, le président de l'institut peut prendre toute mesure conservatoire qu'il juge utile au bon fonctionnement de celle-ci. Lorsque la mesure concerne une unité de recherche, il en informe le conseil scientifique lors de sa plus prochaine séance.
Le président de l'institut définit les conditions de représentation et de consultation des personnels des formations de recherche ou des regroupements de formations.

Dans les régions où sont implantées plusieurs formations de recherche, le président de l'Institut national de la santé et de la recherche médicale peut nommer des délégués régionaux.

Le conseil scientifique de l'Institut national de la santé et de la recherche médicale est l'instance de réflexion et de proposition de l'institut en matière de politique scientifique. Il étudie, en lien avec les instituts thématiques, la situation et les perspectives de développement de la recherche dans le champ d'intervention de l'institut. Il contribue, en lien avec les instituts thématiques, à l'élaboration de la politique scientifique, notamment en établissant un rapport périodique de conjoncture et de prospective.
Il assiste le président de l'institut sur les questions suivantes :
1° Les grandes orientations de l'institut, les programmes généraux d'activité, l'exploitation des résultats de la recherche, le plan stratégique et le projet de contrat pluriannuel mentionnés aux 1° et 2° de l'article R. 324-6 ;
2° La politique scientifique en matière de création ou de renouvellement des unités de recherche ;
3° La création, la modification et la suppression des unités de recherche, après avis des commissions scientifiques spécialisées ;
4° La nomination des directeurs des unités de recherche, le renouvellement de leurs fonctions ou la décision d'y mettre fin, après avis des commissions scientifiques spécialisées ;
5° La politique de recrutement des personnels chercheurs ;
6° Les lignes directrices des actions de valorisation, d'information et de formation menées ou organisées par l'institut.
Il peut être consulté par le conseil d'administration et assister le président de l'institut sur toute question relevant de la compétence de l'institut.

Le conseil scientifique est composé, pour moitié, de membres élus par les personnels propres de l'institut et par les personnes qui contribuent aux activités de ce dernier et, pour moitié, de membres nommés par les ministres de tutelle. Les modalités des élections, la composition et les règles de fonctionnement du conseil scientifique sont fixées par arrêté des ministres chargés de la recherche, de la santé et de l'enseignement supérieur.
Le conseil scientifique se réunit au moins trois fois par an sur convocation du président de l'institut ou à la demande écrite et motivée des deux tiers de ses membres.

Les commissions scientifiques spécialisées de l'Institut national de la santé et de la recherche médicale comprennent des membres élus et des membres nommés par le président de l'institut. Elles sont créées par délibération du conseil d'administration après avis du conseil scientifique. Elles sont composées, pour moitié, de membres élus par les personnels propres de l'institut et les personnes qui contribuent aux activités de ce dernier et, pour moitié, de membres nommés par le président de l'institut. Le président de l'institut fixe les règles de leur fonctionnement et les modalités d'élection de leurs membres élus.
Les commissions scientifiques spécialisées assistent le président de l'institut. Elles participent à l'évaluation périodique de l'activité des unités de recherche qui relèvent de leur secteur, dans les conditions prévues au seizième alinéa de l'article R. 324-6.
Elles contribuent à l'élaboration du rapport de conjoncture et de prospective établi par le conseil scientifique.
Elles sont consultées par le président, dans leur secteur de compétence, sur :
1° La création, la modification et la suppression des unités de recherche ;
2° La nomination des directeurs des unités de recherche, le renouvellement de leurs fonctions ou la décision d'y mettre fin ;
3° Toute autre question qu'il leur soumet.
Elles se réunissent au moins deux fois par an sur convocation du président de l'institut ou à la demande écrite et motivée des deux tiers de leurs membres.

Des commissions ad hoc ayant notamment pour objet la valorisation, l'information scientifique et technique et l'administration de la recherche peuvent être créées dans les conditions fixées par l'article R. 324-20.