Les instituts thématiques sont créés par délibération du conseil d'administration après avis du conseil scientifique pour assurer, dans le champ d'intervention de l'institut, la coordination et l'organisation de la recherche par grands domaines, au-delà des activités des seules formations de recherche relevant directement de l'institut.
Ils ont notamment pour vocation de :
1° Réaliser un état des lieux et donner une visibilité à la recherche française dans le champ d'intervention de l'institut par grandes thématiques ;
2° Contribuer à l'animation de la communauté scientifique, coordonner les actions et organiser, en association avec les différents opérateurs concernés, la représentation de la communauté scientifique au sein des instances nationales, européennes et internationales d'expertise et d'organisation de la recherche ;
3° Définir, pour chaque domaine, une stratégie et les grands objectifs à court, moyen et long terme.

Les agences et services mentionnés au 4° de l'article R. 324-6 sont dirigés par des directeurs nommés pour une durée de quatre ans renouvelable par arrêté du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé de la santé, sur proposition du président de l'Institut national de la santé et de la recherche médicale.
Ils comportent un conseil d'orientation qui émet des propositions. Ce conseil peut comprendre des personnalités qualifiées représentant les organisations concernées par les attributions de l'agence ou du service.
Ils peuvent disposer d'un budget propre, constituant une section individualisée au sein du budget de l'établissement.