Les compétences du Conseil supérieur de santé des armées s'étendent à toutes les FAFR.
Il étudie :

- l'aptitude médicale des militaires contestant, ou dont la direction des ressources humaines dont ils relèvent conteste, dans un délai de deux mois après la date de notification au militaire, les avis du conseil national de santé des armées. Le militaire ou la direction des ressources humaines dont il relève ne peuvent exercer un recours à l'encontre des avis du conseil national de santé des armées que devant le conseil supérieur de santé des armées ;
- les demandes de nouvelle présentation d'un dossier, antérieurement étudié par ce conseil, en cas de fait médical nouveau ou de souhait de levée de restriction(s) d'aptitude médicale ;
- les dossiers qui lui sont présentés par la direction centrale du service de santé des armées.

Le conseil supérieur de santé des armées est présidé par l'inspecteur du service de santé des armées. Le directeur central du service de santé des armées désigne son suppléant parmi les inspecteurs du service de santé pour chacune des FAFR.
Le conseil supérieur de santé des armées est composé, avec voix délibérative :

- de l'inspecteur du service de santé des armées ;
- des inspecteurs du service de santé auprès de chacune des FAFR ou de leurs suppléants désignés par le directeur central du service de santé des armées sur proposition de l'inspecteur du service de santé des armées ;
- des médecins conseillers auprès des chefs d'état-major de chacune des FAFR ou de leurs suppléants, désignés par le directeur central du service de santé des armées sur proposition de l'inspecteur du service de santé des armées. Ils sont sollicités uniquement sur les recours de militaires ressortissant de l'état-major qu'ils conseillent ;
- d'un officier ou de son suppléant, représentant la FAFR du militaire concerné, désigné par le commandement qu'il représente. Il est sollicité uniquement sur les recours de militaires ressortissant de son propre commandement. Sa présence a pour objectif d'orienter l'avis du conseil sur des critères d'employabilité, de parcours professionnel, d'adaptation de l'affectation et de besoin de l'institution, en complément des critères médicaux.

Des experts médicaux, praticiens des armées, peuvent être convoqués au conseil par l'inspecteur du service de santé des armées si leur présence est nécessaire à l'examen du dossier. Ces experts participent aux travaux uniquement sur les recours pour lesquels ils sont sollicités. Contrairement aux autres membres du conseil, ils n'ont qu'une voix consultative.
Les participants au conseil supérieur de santé des armées sont tenus au secret.
Les membres du conseil national de santé dont l'avis est contesté auprès du conseil supérieur de santé des armées ne peuvent y siéger.

Le conseil supérieur de santé des armées peut être saisi soit directement par l'intéressé, soit par la direction des ressources humaines dont il relève (FAFR) ou par le commandant de région de la gendarmerie nationale.
La composition du dossier et ses modalités de transmission au conseil supérieur de santé des armées sont fixées par instruction. Il inclut obligatoirement un avis argumenté de l'autorité en charge des ressources humaines de la FAFR concernée et d'un médecin des forces connaissant le dossier du militaire.

Sous l'autorité du président, le secrétariat du conseil supérieur de santé des armées établit l'ordre du jour et organise les sessions du conseil.
Le conseil supérieur de santé des armées se réunit à l'initiative de son président.
Avec l'accord du président, le conseil peut demander tout avis spécialisé ou technique nécessaire à la bonne appréciation d'un dossier.
Le conseil supérieur de santé des armées prononce ses avis sur dossier. Le militaire peut, à sa demande, être entendu par le conseil.
Les avis du conseil supérieur de santé des armées sont votés à la majorité des voix délibératives. En cas d'égalité, la voix du président est prépondérante.
En cas d'absence d'un des membres, le conseil peut poursuivre ses travaux si au moins trois membres sont présents dont le président et le représentant du commandement.
Chaque avis émis fait l'objet d'un procès-verbal signé par chaque membre ayant voix délibérative. Le procès-verbal du conseil supérieur de santé des armées, comportant l'avis d'aptitude médicale, est transmis :

- à l'autorité en charge des ressources humaines pour décision administrative ;
- au conseil national de santé des armées ;
- au médecin commandant le centre médical du service de santé des armées pour information de l'autorité d'emploi et de l'intéressé et insertion dans son dossier médical ;
- à la direction centrale du service de santé des armées si elle est à l'initiative de la présentation.

Les avis du conseil supérieur de santé des armées ne peuvent faire l'objet d'une demande de surexpertise médicale et ne peuvent être modifiés que par le conseil supérieur de santé des armées.
La décision administrative est notifiée à l'intéressé par sa hiérarchie et communiquée au centre médical du service de santé des armées et au conseil supérieur de santé des armées.