Sous l'autorité du président, le secrétariat du conseil supérieur de santé des armées établit l'ordre du jour et organise les sessions du conseil.
Le conseil supérieur de santé des armées se réunit à l'initiative de son président.
Avec l'accord du président, le conseil peut demander tout avis spécialisé ou technique nécessaire à la bonne appréciation d'un dossier.
Le conseil supérieur de santé des armées prononce ses avis sur dossier. Le militaire peut, à sa demande, être entendu par le conseil.
Les avis du conseil supérieur de santé des armées sont votés à la majorité des voix délibératives. En cas d'égalité, la voix du président est prépondérante.
En cas d'absence d'un des membres, le conseil peut poursuivre ses travaux si au moins trois membres sont présents dont le président et le représentant du commandement.
Chaque avis émis fait l'objet d'un procès-verbal signé par chaque membre ayant voix délibérative. Le procès-verbal du conseil supérieur de santé des armées, comportant l'avis d'aptitude médicale, est transmis :

- à l'autorité en charge des ressources humaines pour décision administrative ;
- au conseil national de santé des armées ;
- au médecin commandant le centre médical du service de santé des armées pour information de l'autorité d'emploi et de l'intéressé et insertion dans son dossier médical ;
- à la direction centrale du service de santé des armées si elle est à l'initiative de la présentation.

Les avis du conseil supérieur de santé des armées ne peuvent faire l'objet d'une demande de surexpertise médicale et ne peuvent être modifiés que par le conseil supérieur de santé des armées.
La décision administrative est notifiée à l'intéressé par sa hiérarchie et communiquée au centre médical du service de santé des armées et au conseil supérieur de santé des armées.