Les compétences du Conseil supérieur de santé des armées s'étendent à toutes les FAFR.
Il étudie :

- l'aptitude médicale des militaires contestant, ou dont la direction des ressources humaines dont ils relèvent conteste, dans un délai de deux mois après la date de notification au militaire, les avis du conseil national de santé des armées. Le militaire ou la direction des ressources humaines dont il relève ne peuvent exercer un recours à l'encontre des avis du conseil national de santé des armées que devant le conseil supérieur de santé des armées ;
- les demandes de nouvelle présentation d'un dossier, antérieurement étudié par ce conseil, en cas de fait médical nouveau ou de souhait de levée de restriction(s) d'aptitude médicale ;
- les dossiers qui lui sont présentés par la direction centrale du service de santé des armées.