Sans préjudice de l'application des dispositions du décret n° 55-733 du 26 mai 1955 relatif au contrôle économique et financier de l'Etat et du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique, les établissements publics mentionnés au premier alinéa de l'article R. 321-1, ainsi que les filiales dont ils détiennent directement ou indirectement plus de la moitié du capital social ou des droits de vote à l'assemblée générale, sont soumis au contrôle du préfet du département lorsque leur activité s'exerce dans le cadre de ce seul ressort territorial. Lorsque cette activité s'étend sur plusieurs départements et n'excède pas le périmètre régional, le contrôle est exercé par le préfet de la région.

Dans les autres cas, ils sont soumis au contrôle du préfet désigné en application de l'article 66 du décret n° 2004-374 du 29 avril 2004 relatif aux pouvoirs des préfets, à l'organisation et à l'action des services de l'Etat dans les régions et départements.