L'amende est prise en charge et recouvrée par le comptable public assignataire de la recette. L'action en recouvrement se prescrit conformément aux dispositions de l'article L. 274 du livre des procédures fiscales. Les articles 112 à 124, à l'exception du quatrième alinéa de l'article 117, du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 modifié relatif à la gestion budgétaire et comptable publique sont applicables au recouvrement de cette amende. Les sommes recouvrées sont affectées au budget général de l'Etat.
Conformément au II de l’article 2 du décret n° 2024-297 du 29 mars 2024, ces dispositions entrent en vigueur trois mois après la publication dudit décret et, s'agissant des navires exploités dans le cadre d'un marché public, douze mois après sa publication.