Les DSAC/IR sont constituées d'un siège et, le cas échéant, de délégations.
Le siège de chacune des directions interrégionales est constitué par :

- un département « gestion des ressources » ;
- un ou parfois deux départements « surveillance et régulation ».

Sont placés auprès du directeur interrégional de la sécurité de l'aviation civile un cabinet et le ou les agents chargés du pilotage de la performance par objectifs, de la qualité, du pilotage et de la coordination des actions relatives au programme de sécurité de l'Etat et l'agent de la sécurité des systèmes d'information (ASSI).