Le règlement comptable et financier du comité national, des comités régionaux, départementaux et interdépartementaux des pêches maritimes et des élevages marins est défini par arrêté conjoint du ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture marine et du ministre chargé du budget.
Les documents budgétaires prévisionnels des comités sont approuvés par l'autorité administrative ayant procédé à la nomination des membres de ces comités. Cette approbation vaut autorisation d'exécution.
Les comptes financiers de ces comités sont approuvés par l'autorité administrative ayant procédé à la nomination des membres de ces derniers, après certification par un commissaire aux comptes et approbation par le conseil.
Le système de garantie contre les intempéries et avaries, prévu aux articles 1er et 9, bénéficie de subventions publiques. Les crédits de cette dotation sont suivis sur un compte de bilan détaillé annexé aux documents budgétaires prévisionnels et comptes financiers du Comité national des pêches maritimes et des élevages marins.