Les fonctions de directeur peuvent être confiées au directeur régional de l'environnement, de l'aménagement et du logement de Midi-Pyrénées.

Le directeur est nommé par décret pour une durée de cinq ans renouvelable.

Le directeur adjoint, le directeur de la recherche et le directeur des études sont nommés par arrêté du ministre chargé de l'industrie, sur proposition du directeur.

Le secrétaire général qui assure, sous l'autorité du directeur, la direction administrative des services de l'établissement est nommé par arrêté du ministre chargé de l'industrie, sur proposition du directeur.