Le secrétaire général est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé de la santé, sur proposition du directeur général de l'institut.

Il assiste le directeur général dans ses fonctions et à ce titre :

1° Il coordonne l'activité des services ;

2° Il assure la direction des services administratifs et financiers ;

3° Il a autorité sur les administrateurs délégués régionaux ;