L'établissement d'hospitalisation public de Saint-Pierre-et-Miquelon est administré par un conseil d'administration et par un directeur. Ce dernier est nommé par l'autorité administrative supérieure. Il peut appartenir soit au corps médical, soit au corps de direction régi par le décret n° 69-662 du 13 juin 1969.

Il est institué dans l'établissement :

a) Une commission médicale consultative qui est obligatoirement consultée sur le fonctionnement des services médicaux ;

b) Un comité technique paritaire qui est obligatoirement consulté sur le fonctionnement des services, et notamment sur les conditions de travail dans l'établissement.