Tout manquement par le navire au respect de la procédure de dépôt de déchets peut donner lieu à une sanction administrative prévue à l'article L. 5336-1-4. Cette sanction peut être appliquée par les agents mentionnés à l'article 4 du présent arrêté.
Le manquement à l'obligation de dépôt des déchets peut également faire l'objet d'une amende conformément à l'article L. 5336-11. Ces infractions pénales peuvent être constatées par procès-verbal par les agents mentionnés à l'article L. 5336-3-1 du code des transports :

- les officiers et agents de police judiciaire ;
- les officiers de ports et officiers de ports adjoints ;
- les administrateurs des affaires maritimes ;
- les fonctionnaires affectés dans les services exerçant des missions de contrôle dans le domaine des affaires maritimes sous l'autorité ou à la disposition du ministre chargé de la mer ;
- les agents de l'Etat habilités par le ministre chargé de la mer en qualité d'inspecteurs de la sécurité des navires et de la prévention des risques professionnels maritimes.