La commission consultative paritaire élabore son règlement intérieur qui doit être soumis à l'approbation du directeur général de la Caisse des dépôts et consignations. Le secrétariat est assuré par un représentant de l'administration qui peut ne pas être membre de la commission.
Les fonctions de secrétaire adjoint sont exercées par un représentant du personnel titulaire ou suppléant.
Un procès-verbal est établi après chaque séance. Il est signé par le président et contresigné par le secrétaire et le secrétaire adjoint et transmis, dans un délai d'un mois, aux membres de la commission.