Si certaines dépenses acquittées par le porteur de projet, le chef de file ou le partenaire ne sont pas exclusivement liées au projet cofinancé, ce dernier doit déterminer la part des dépenses consacrée au projet. Il peut appliquer :

- soit un taux de décote représentant la part de l'action ne répondant pas aux objectifs des fonds qui doit être défalquée du coût total du projet cofinancé ;
- soit un taux d'affectation permettant de déterminer la part des dépenses consacrée au projet en l'appliquant sur la ou les catégories de dépenses directes concernées.

Ces modalités de calcul et les pièces associées sont indiquées dans la demande de subvention, prévues dans l'acte attributif de subvention, et justifiées à chaque demande de paiement.