Les versements effectués par le porteur de projet, le chef de file ou les partenaires doivent prendre la forme de mouvements financiers (décaissement), à l'exception des dépenses d'amortissement.
L'acquittement des dépenses liées au projet est justifié par les pièces suivantes :

- les copies des relevés de compte du porteur, du chef de file ou du partenaire, faisant apparaître le débit correspondant et sa date ;
- l'état récapitulatif des dépenses liées au projet, dont le paiement est attesté pour les structures publiques par le comptable public, ou un commissaire aux comptes ;
- les bulletins de paie pour les frais de personnel.

Le porteur de projet, le chef de file et les partenaires doivent disposer d'un système de comptabilité séparée, ou analytique, qui permet de retracer les mouvements budgétaires et comptables liés aux dépenses et aux recettes du projet.