Le département du contrôle interne et des systèmes d'information financiers anime et coordonne l'ensemble des travaux liés à l'adaptation des systèmes d'information budgétaires et financiers ainsi que les politiques de contrôle interne comptable sur l'ensemble des périmètres des ministères. Il assure également la définition et la mise en œuvre des méthodes et des outils de contrôle interne budgétaire.