La direction des affaires financières, outre le bureau des études et des affaires générales et la cellule informatique, comprend :
― la sous-direction du budget de la mission « enseignement scolaire » ;
― la sous-direction du budget de la mission « recherche et enseignement supérieur » ;
― la sous-direction de l'expertise statutaire, de la masse salariale, des emplois et des rémunérations ;
― la sous-direction de l'enseignement privé ;
― le service des retraites de l'éducation nationale.
― le département du contrôle interne et des systèmes d'information financiers ;
Le directeur est assisté, pour l'ensemble de ses attributions, par un chef de service, qui a qualité d'adjoint au directeur.