La sous-direction de pilotage des programmes budgétaires relevant du secrétaire général pour l'administration comprend :
- le bureau des programmes et de la synthèse ;
- le bureau du pilotage des ressources humaines ;
- le bureau « budget opérationnel de programme ».
Elle exerce ses compétences en liaison avec la direction des affaires financières et la direction de la fonction militaire et du personnel civil ainsi que les responsables de budget opérationnel de programme.