La commission émet son avis à la majorité des membres présents. S'il est procédé à un vote, celui-ci a lieu à main levée en l'absence de l'agent dont la situation fait l'objet du vote. Les abstentions sont admises. Toutefois, à la demande de l'un des membres titulaires de la commission, le vote a lieu à bulletin secret.
En cas de partage des voix, l'avis est réputé avoir été donné ou la proposition formulée. Lorsque l'autorité administrative compétente prend une décision contrairement à l'avis ou à la proposition émis par la commission, cette autorité doit informer la commission des motifs qui l'ont conduite à ne pas suivre l'avis ou la proposition.