Conformément aux dispositions des règlements (CE) n°s 2419/2001 et 445/2002 susvisés, un contrôle administratif et un contrôle sur place sont opérés.
Le contrôle administratif est effectué au moment du dépôt du dossier par l'exploitant agricole et chaque année à réception des pièces justificatives adressées par l'exploitant. Il est effectué par les services déconcentrés de l'Etat dans les conditions prévues aux articles 59 à 62 du règlement (CE) n° 445/2002 susvisé.
Les contrôles sur place sont effectués selon les modalités prévues au même article par le CNASEA et l'ONIOL, selon leurs attributions respectives visées à l'article 7.
L'exploitant doit permettre la réalisation des contrôles. S'il s'y oppose, les aides dont il bénéficie sont suspendues.