La prime d'aménagement du territoire est attribuée par décision du ministre chargé de l'aménagement du territoire, après avis de la commission interministérielle des aides à la localisation des activités, dont le secrétariat est assuré par la délégation interministérielle à l'aménagement et à la compétitivité des territoires.
La décision d'attribution peut s'accompagner de conditions ou de modalités particulières qui sont précisées dans la décision attributive de subvention, qui donne lieu à une convention entre l'Etat et l'entreprise.
Le ministre chargé de l'aménagement du territoire peut réviser cette convention en cas d'évolution du programme éligible, du périmètre, des activités ou du capital de l'entreprise cocontractante, sans pouvoir toutefois modifier la nature du programme ou le montant de la prime octroyée. Il en informe, au préalable, les membres de la commission interministérielle susmentionnée.