La Caisse des dépôts et consignations assure à l'établissement public un support administratif et financier, qui est exercé sous l'autorité du directoire. Il peut comprendre le secrétariat des organes de l'agence, la fonction d'autorité de paiement, la gestion courante et le placement de la trésorerie, le service de conservation, le reporting comptable, la gestion de contentieux, la gestion de personnel et la mise à disposition de locaux.
Une convention entre l'établissement et la Caisse des dépôts et consignations organise cette assistance. Elle précise notamment les différents moyens affectés par la Caisse des dépôts et consignations en vue de l'exercice de cette mission.