La sous-direction du contrôle de gestion comprend :
1. Le bureau du pilotage et de l'orientation ;
2. Le bureau des méthodes de contrôle de gestion ;
3. Le bureau du contrôle de gestion des organismes fonctionnels ;
4. Le bureau de la comptabilité et de l'analyse des coûts ;
5. Le bureau des audits et des synthèses.