Un secrétariat est mis à la disposition de la commission par le directeur général de l'administration et de la fonction publique et le directeur général des collectivités locales.
Un procès-verbal est établi après chaque séance de la commission et soumis à approbation lors de la séance suivante. Il est également transmis, pour information, aux membres du Conseil supérieur de la fonction publique de l'Etat et du Conseil supérieur de la fonction publique territoriale.