Le directeur de l'opérateur des systèmes d'information interministériels classifiés a rang de directeur d'administration centrale.
Il est assisté d'un directeur adjoint qui le supplée en cas d'absence ou d'empêchement. Le directeur adjoint est nommé par arrêté du Premier ministre sur proposition du secrétaire général de la défense et de la sécurité nationale.