Le président de l'établissement est nommé par décret parmi les membres du conseil d'administration, pour la durée de son mandat au sein de ce conseil. Un vice-président, nommé dans les mêmes conditions, exerce les fonctions du président en cas d'absence ou d'empêchement de celui-ci.
Le président assure la présidence du conseil d'administration. Il signe la convention d'objectifs et de gestion conclue avec le gestionnaire administratif mentionné à l'article 32 et en assure le suivi. Il peut diligenter des missions d'expertise sur l'administration du régime et de l'établissement.
Une indemnité de fonction dont le montant est fixé par arrêté conjoint du ministre chargé de la fonction publique, du ministre chargé du budget et du ministre chargé de la sécurité sociale peut être attribuée au président de l'établissement.