Pour l'instruction des demandes d'enregistrement dans le répertoire national, et afin de préparer ses avis, la Commission nationale de la certification professionnelle s'appuie sur les travaux d'une commission spécialisée composée de membres titulaires de la commission nationale ou de leurs suppléants.
La commission spécialisée comprend, outre le président de la commission nationale et le rapporteur général :
Dix représentants des ministres ;
Cinq représentants des organisations d'employeurs les plus représentatives au niveau national ;
Cinq représentants des organisations syndicales de salariés les plus représentatives au niveau national.
Sont membres de droit de la commission spécialisée les représentants des ministres chargés du travail et de l'emploi, de l'agriculture, de la formation professionnelle, de l'enseignement professionnel, de l'enseignement supérieur, de la jeunesse et des sports.
Les représentants des autres ministres à la commission nationale participent, dans la limite de quatre, aux travaux de la commission spécialisée chaque fois que des dossiers à l'ordre du jour les concernent.
Le fonctionnement de la commission spécialisée est défini par le règlement intérieur de la commission nationale.