La Commission nationale de la certification professionnelle dispose d'un secrétariat au niveau national, placé sous l'autorité du président, et d'un ou plusieurs correspondants dans chaque région. Ceux-ci sont nommés par le préfet de région, après avis du président de la Commission nationale de la certification professionnelle, parmi les fonctionnaires ou les agents des services déconcentrés ou d'établissements sous tutelle de l'Etat. Ils sont placés pour la durée de leur mission sous l'autorité du préfet de région. Pour l'instruction des demandes d'enregistrement, ils s'appuient sur les services déconcentrés de l'Etat dans la région.