La CPPNI se voit confier par la loi trois missions d'intérêt général :
– représenter la branche PA/CUMA dans l'appui des entreprises et vis-à-vis des pouvoirs publics ;
– exercer un rôle de veille sur les conditions de travail et l'emploi ;
– établir un rapport annuel d'activité à verser dans la base de données nationale visée à l'article L. 2231-5-1 du code du travail.

La CPPNI peut s'appuyer sur les instances paritaires agricoles existantes remplissant déjà ces fonctions.

Par exemple, afin d'exercer un rôle de veille sur l'emploi et les conditions de travail, la CPPNI peut solliciter la CPNE et la CPNACTA.

Par ailleurs, dans le rapport annuel d'activité que la CPPNI établit, un bilan des accords territoriaux et/ ou professionnels et d'entreprise y compris les accords types conclus dans le cadre des dispositions légales et réglementaires, avec en particulier l'impact de ces accords sur les conditions de travail des salariés et sur la concurrence entre les entreprises de la branche, doit être notamment effectué. Elle formule, le cas échéant, des recommandations destinées à répondre aux difficultés identifiées.