En cas d'absence individuelle, les heures qui auraient dû être effectuées par le salarié ce jour-là seront comptabilisées pour l'appréciation du volume horaire total à effectuer sur la période de décompte, afin que l'absence du salarié ne le conduise pas à récupérer les heures perdues du fait de cette absence, à l'exception des cas où la législation autorise cette récupération.

En cas d'absences rémunérées, les jours d'absences seront indemnisés sur la base du salaire mensuel moyen.

En cas d'absence pour maladie, accident du travail ou maternité, en période haute de modulation, une régularisation s'opèrera en fin de période annuelle, sur la base de l'horaire que le salarié aurait dû effectuer s'il avait travaillé (horaire réel) et non sur la base de l'horaire moyen de lissage.

Par ailleurs, dans le cas d'une absence pour maladie, accident du travail ou maternité, le plafond de 1 607 heures déclenchant le paiement des heures supplémentaires doit être réduit de la durée hebdomadaire moyenne applicable dans l'entreprise (et non du nombre d'heures effectuées par les salariés présents, que le salarié n'a pas accomplies en raison de son absence) : les heures supplémentaires effectuées par le salarié absent seront ainsi déterminées par comparaison entre ce seuil spécifique et le nombre d'heures annuelles réellement travaillées.

En cas d'absences ne donnant pas lieu à rémunération ou indemnisation, la rémunération du salarié concerné est réduite proportionnellement à la durée de l'absence.