L'employeur doit pour chaque salarié concerné par l'annualisation de la durée du travail tenir un compte individuel de compensation sur lequel l'employeur enregistre :
– l'horaire programmé pour la semaine ;
– le nombre d'heures de travail réellement effectuées par les salariés au cours de la semaine ;
– le nombre d'heures correspondant à des absences indemnisées ou non indemnisées programmées ou non programmées.

L'état du compte individuel de compensation est retranscrit tous les mois sur le bulletin de paie ou un document annexé au bulletin de paie.

En fin de période d'annualisation, ou à la date de la rupture du contrat de travail intervenue en cours de période d'annualisation, l'employeur clôt le compte individuel de compensation et remet à chaque salarié concerné un document récapitulant l'ensemble de ses droits.

58.1 Compte faisant apparaître des heures de modulation

S'il apparaît en fin de période d'annualisation ou à la date de la rupture du contrat de travail que le nombre d'heures de “ modulation ” effectuées est supérieur au nombre d'heures de “ compensation ” prises, il s'agit d'heures hors modulation qui seront rémunérées avec le dernier salaire mensuel de la période à raison de 1/151,67 du salaire mensualisé lissé majoré de 25 %.

Cependant, ces heures peuvent en tout ou en partie ne pas faire l'objet d'une rémunération à la fin de la période si elles sont reportées sur la période annuelle suivante sous forme de repos compensateur. Dans cette hypothèse, chaque heure reportée ouvre droit à 1 heure et 15 minutes de repos compensateur payé.

Par dérogation au paiement annuel des heures supplémentaires, l'employeur pourra, par accord d'entreprise ou après consultation du CSE s'il existe, régler à titre d'avance tout ou partie des heures hors modulation.

58.2 Compte faisant apparaître des heures de compensation

S'il apparaît au contraire que le nombre d'heures de compensation prises est supérieur au nombre d'heures de modulation effectuées, le compteur négatif est reporté sur la période annuelle suivante.

En cas de rupture du contrat de travail en cours de période d'annualisation pour un motif autre que le licenciement pour motif économique, le salarié devra restituer la rémunération perçue au titre de ces heures de compensation. Le montant à restituer sera déduit de la dernière paie.

Pour les salariés entrés en cours de période d'annualisation (période basse), le compteur négatif est reporté sur la période annuelle suivante dans la limite de 10 % des heures payées et plafonné à 60 heures.