La CPPNI se réunit au moins 3 fois par an pour exercer les missions qui lui sont confiées par l'article L. 2232-9 du code du travail et pour mener les négociations obligatoires au niveau de la branche.

Elle définit son calendrier de négociations dans les conditions prévues à l'article L. 2222-3 du code du travail.

Le secrétariat administratif de la commission est assuré par l'UNEP, Maison du paysage, 60, ter rue Haxo, 75020 Paris. Il participe aux travaux de la CPPNI.

Une convocation signée par le président et le secrétaire général comportant l'ordre du jour et accompagnée des dossiers complets est adressée, par courrier ordinaire ou électronique, aux membres de la commission au moins 15 jours avant la date de la réunion.

Outre les réunions programmées dans le cadre de l'agenda social, la saisine de la commission peut être réalisée, quel que soit le thème de la négociation à tout moment à la diligence de l'une des organisations représentatives, auprès du secrétariat.

Le secrétariat en informe immédiatement le Président qui convoque la commission dans le délai le plus rapproché possible et au plus tard dans un délai de 45 jours calendaires suivant la saisine.

En dehors des domaines relevant du champ de la négociation, les décisions sont prises à la majorité des membres présents ou représentés. La voix du président n'est pas prépondérante.

Les membres de la commission peuvent se faire représenter par un membre présent appartenant au même collège. À cet effet, le mandataire doit présenter un mandat écrit et signé du mandant.

Le mandat doit préciser la date de la réunion à laquelle il se rapporte.

Le nombre de mandats détenus par une même personne physique est limité à 2.

La prise en charge financière des participants aux réunions de la CPPNI est assurée dans le cadre de l'AFNCA et selon les règles établies par l'accord national modifié relatif au financement de la négociation collective en agriculture de 1992.