Les salariés se trouvant en situation de bénéficier de la garantie de ressource devront se soumettre, le cas échéant, aux contrôles qui pourront être diligentés par les entreprises, l'organisme assureur, ou le délégataire de la gestion du régime. Ce mécanisme de contrôle n'a pas vocation à contrôler d'autres arrêts que ceux couverts par le présent régime de branche. Il doit être clairement détaillé dans la notice d'information de la branche.

Le mécanisme de contrôle ne se déclenche pas avant l'expiration du délai de carence propre aux maladies ou accidents hors navigation ou maladies et accidents en cours de navigation.

La procédure commence par l'envoi d'un questionnaire par le service médical du délégataire auquel le salarié est tenu de répondre. Le défaut de réponse dans le délai de 15 jours calendaires entraîne la suspension des indemnités après relance par courrier RAR. Si le médecin-conseil estime qu'une expertise est nécessaire pour s'assurer de la nécessité de l'arrêt, il peut l'ordonner. En cas de décision de suspension des indemnités à l'issue de cette expertise, après en avoir reçu notification par lettre recommandée, le salarié dispose d'un délai de 10 jours calendaires pour demander la mise en place d'une procédure contradictoire.