La gestion de l'ANFA s'effectue dans le cadre des dispositions légales et réglementaires en vigueur et selon un plan comptable établi selon l'article R. 964-5 du code du travail, annexé aux présents statuts, ainsi qu'en conformité du plan comptable des organismes agréées par l'Etat établi par l'arrêté du 21 juillet 1993.

L'exercice financier et comptable commence le 1er janvier et finit le 31 décembre de chaque année.

Chaque catégorie de ressources fait l'objet d'une comptabilisation spécifique et individualisée.

Les comptes annuels sont certifiés par un commissaire aux comptes inscrit au tableau de la compagnie.

Les ressources sont placées en numéraire, dépôts à vue ou placements à court terme.

De façon plus générale, la gestion des ressources s'effectue conformément aux lois et règlements, ainsi que conformément aux dispositions prévues par l'accord national paritaire du 26 avril 1994.

Les pièces justificatives sont conservées pendant un délai de 5 ans après la clôture de l'exercice.