La gestion de l'ANFA s'effectue dans le cadre des dispositions légales et réglementaires applicables aux organismes paritaires collecteurs agréés, et selon le plan comptable des organismes agréés par l'Etat.

L'exercice financier et comptable commence le 1er janvier et finit le 31 décembre de chaque année.

Chaque catégorie de ressources fait l'objet d'une comptabilisation spécifique et individualisée.

Les comptes annuels sont certifiés par un commissaire aux comptes inscrit au tableau de la compagnie.

Les ressources sont placées en numéraire, dépôts à vue ou placements à court terme.

De façon plus générale, la gestion des ressources s'effectue conformément aux lois et règlements, ainsi que conformément aux dispositions prévues par l'accord national paritaire du 26 avril 1994.

Les pièces justificatives sont conservées pendant un délai de 5 ans après la clôture de l'exercice.