L'organisme assureur procède aux versements des prestations au vu des décomptes originaux des prestations en nature, ou le plus souvent grâce à la télétransmission établie avec les caisses primaires d'assurance maladie, ou le cas échéant encore sur pièces justificatives des dépenses réelles.

Les prestations garanties sont versées soit directement aux salariés, soit aux professionnels de santé par tiers payant.

Les modalités pratiques complémentaires du règlement des prestations (pièces justificatives...) seront détaillées dans le contrat d'adhésion de l'entreprise et la notice d'information remise aux salariés.