Le salarié dont le contrat de travail est déjà suspendu par un arrêté de travail à la date des départs en congés fixée par l'employeur conserve son droit à congés lorsque l'arrêt de travail prend fin avant que soit close la période des congés payés. L'employeur est fondé à lui imposer de prendre à son retour le reliquat de ses congés. Le salarié est alors indemnisé au titre de la maladie pour toute la période de l'arrêt maladie et perçoit une indemnité de congés lorsqu'il prend ses congés. En revanche, si l'arrêt maladie prend fin après l'expiration de la période de prise de congés et que le salarié n'a pu épuiser ses congés, il n'a droit à aucune indemnité compensatrice.

Si la maladie survient pendant les congés, le salarié ne peut pas obtenir de nouveaux congés, même non rémunérés. Le salarié tombant malade au cours de ses congés perçoit son indemnité de congés payés calculée normalement et les indemnités journalières de la sécurité sociale. En revanche, aucune indemnité conventionnelle de maladie n'est due au salarié.