Compte tenu de la fluctuation des horaires, un compte de compensation entre les heures de travail effectuées en période haute et celles effectuées en période basse est institué pour chaque salarié concerné par la modulation, afin de lui assurer une rémunération mensuelle lissée, indépendante de l'horaire réel.

En cas de période non travaillée, mais donnant lieu à une indemnisation de la part de la société, cette période est indemnisée sur la base de la rémunération régulée. La même règle est appliquée pour le calcul des indemnités de licenciement, de départ en retraite et de congés payés.

Lorsqu'un employé n'aura pas accompli la totalité de la période d'annualisation, sa rémunération sera régularisée (sur une moyenne de 35 heures hebdomadaires entre le début de la période de référence et la date de départ) et proratisée.

Les mêmes règles s'appliquent en cas d'embauche en cours de période de référence.