Sauf en cas de départ du salarié obligeant à une régularisation immédiate, l'entreprise arrête le compte de compensation de chaque salarié à l'issue de la période d'annualisation.

Si, à la fin de la période d'annualisation, l'horaire de travail annuel collectif est inférieur au nombre d'heures que devait effectuer le salarié, sauf circonstances exceptionnelles, la situation sera considérée comme soldée. S'il ressort que le solde d'heures est négatif du fait du salarié, la régularisation sera effectuée en débitant d'autant le solde de congés payés ou par retenue sur salaire, au choix du salarié.