L'institution fait face à ses frais de fonctionnement à l'aide d'un prélèvement sur les cotisations contractuelles correspondant à chaque risque et prévus au règlement et aux règlements particuliers, et fixé annuellement par le conseil d'administration.

Les excédents annuels des recettes de gestion sur les dépenses sont versés à la réserve de gestion administrative, après dotation à la provision de gestion, dont le montant peut être utilisé au cours des exercices suivants pour la couverture des frais de fonctionnement.