Les programmes d'enseignement et de recherche, l'organisation de la formation initiale et continue ainsi que les modalités d'évaluation de la scolarité sont fixés par arrêté du garde des sceaux, ministre de la justice, pris après avis du conseil d'administration.

Les agents suivant une formation sont, pendant la durée de celle-ci, soumis au règlement intérieur de l'établissement, défini aux articles L. 112-4 et R. 112-22.
Des auditeurs libres, français et étrangers, peuvent être admis à suivre des stages sous la responsabilité du directeur de l'école.

Un conseil pédagogique et scientifique est placé auprès du directeur de l'Ecole nationale d'administration pénitentiaire.
Il contribue à la définition :
1° Des programmes d'enseignement et de recherche ;
2° Du contenu du catalogue annuel de formation ;
3° Du contenu du programme annuel des recherches, études et colloques.
Ses travaux et avis sont transmis au conseil d'administration.
La composition de ce conseil, qui doit comporter des représentants du directeur général de l'administration pénitentiaire, du personnel et des personnalités qualifiées, et ses modalités de fonctionnement sont prévues par le règlement intérieur de l'école.
Le conseil pédagogique et scientifique se réunit en séance plénière, sur convocation du directeur de l'école, au moins une fois par an.
Les dispositions de l'article R. 112-48 sont applicables aux fonctions de membre du conseil pédagogique et scientifique de l'école.