Le fonctionnaire bénéficiaire d'un congé de transition professionnelle est en position d'activité.
La période de congé est assimilée à des services effectifs dans le corps, le cadre d'emplois ou l'emploi.

Par dérogation aux dispositions de l'article R. 422-7 :
L'agent en congé de transition professionnelle conserve son traitement brut et, le cas échéant, l'indemnité de résidence et le supplément familial de traitement.
L'agent de l'Etat ou l'agent hospitalier perçoit 80 % du régime indemnitaire dont il bénéficiait à la date du placement en congé.
L'agent territorial peut également percevoir les primes et indemnités dont il bénéficiait dans la limite de celles perçues par les agents des différents services de l'Etat.

Par dérogation aux dispositions de l'article R. 422-165, l'agent de l'Etat ou l'agent territorial affecté à l'étranger à la date de la demande de congé perçoit l'indemnité de résidence prévue à l'article 9 du décret n° 85-1148 du 24 octobre 1985 relatif à la rémunération des personnels civils et militaires de l'Etat, des personnels des collectivités territoriales et des personnels des établissements publics d'hospitalisation correspondant à la zone de salaires sans abattement.
Le régime indemnitaire du fonctionnaire de l'Etat intéressé est celui d'un emploi en administration centrale correspondant au grade détenu

Pour l'application des dispositions de l'article R. 422-165, sont exclus du régime indemnitaire :
1° Les indemnités représentatives de frais ;
2° Les indemnités liées à l'organisation du travail et au dépassement effectif du cycle de travail ;
3° Les versements exceptionnels ou occasionnels liés à l'appréciation de la manière de servir ;
4° Les versements exceptionnels ou occasionnels motivés par un fait générateur unique ;
5° Les majorations et indexations liées à une affectation outre-mer, sauf si l'agent poursuit la formation en outre-mer ;
6° Les indemnités versées au titre d'une activité accessoire.

Le bénéficiaire du congé de transition professionnelle transmet à son administration, collectivité ou établissement d'emploi, selon un calendrier fixé d'un commun accord, les attestations établies par l'organisme de formation, justifiant son assiduité à l'action de formation.
Il perd le bénéfice de ce congé s'il cesse, sans motif légitime, de suivre cette action.

L'administration, la collectivité ou l'établissement d'emploi prend en charge les frais de la formation mentionnée à l'article R. 422-157 et peut également prendre en charge les frais occasionnés par les déplacements de l'agent intéressé.
La prise en charge des frais de la formation peut faire l'objet d'un plafond déterminé :
1° Pour l'agent de l'Etat, par arrêté ministériel ou délibération de l'organe délibérant de l'établissement mentionné à l'article L. 3 ;
2° Pour l'agent territorial, par délibération de l'organe délibérant de la collectivité ou de l'établissement mentionné à l'article L. 4 ;
3° Pour l'agent hospitalier, par décision de l'autorité investie du pouvoir de nomination.