Lorsqu'un schéma de cohérence territoriale doit être rendu compatible avec un document ou des dispositions mentionnés aux articles L. 131-1 et L. 131-2 ou les prendre en compte, ou permettre la réalisation d'un projet d'intérêt général postérieur à son approbation, l'autorité administrative compétente de l'Etat en informe l'établissement public prévu à l'article L. 143-16 à l'expiration du délai laissé au schéma pour se conformer, s'il y a lieu, à cette obligation.

L'autorité administrative compétente de l'Etat adresse à l'établissement public un dossier indiquant les motifs pour lesquels elle considère que le schéma de cohérence territoriale ne respecte pas les obligations de mise en compatibilité et de prise en compte mentionnées aux articles L. 131-1 et L. 131-2 ainsi que les modifications qu'elle estime nécessaires pour y parvenir.

Dans un délai de deux mois, l'établissement public fait connaître à l'autorité administrative compétente de l'Etat s'il entend opérer la modification nécessaire suivant la procédure prévue à l'article L. 131-3.

A défaut d'accord, dans ce délai, sur l'engagement de la procédure de modification ou, en cas d'accord, à défaut d'une délibération approuvant la modification du schéma à l'issue d'un délai d'un an à compter de la notification initiale de l'autorité administrative compétente de l'Etat, cette dernière engage et approuve la mise en compatibilité du schéma.

La mise en compatibilité du schéma fait l'objet d'un examen conjoint de l'Etat, de l'établissement public prévu à l'article L. 143-16, et des personnes publiques associées mentionnées aux articles L. 132-7 et L. 132-8.
Le projet de mise en compatibilité est soumis à une enquête publique réalisée conformément au chapitre III du titre II du livre Ier du code de l'environnement par l'autorité administrative compétente de l'Etat.
Lorsque le projet de mise en compatibilité ne concerne que certaines communes, l'enquête publique peut n'être organisée que sur le territoire de ces communes.
Le procès-verbal de la réunion d'examen conjoint est joint au dossier de l'enquête publique.
A l'issue de l'enquête publique, l'établissement public prévu à l'article L. 143-16 émet un avis sur le projet de mise en compatibilité. Cet avis est réputé favorable s'il n'est pas émis dans le délai de deux mois.
La proposition de mise en compatibilité est approuvée par arrêté préfectoral et devient exécutoire dès l'exécution de l'ensemble des formalités de publication et d'affichage.